在武士急剧衰落但还一息尚存，而忍者已经崛起并蓬勃发展的时代，世界并不太平，残酷的杀戮时时发生，而更大的罪恶还在酝酿。在惨烈漫长的战国时代即将到来之际，三个婴儿出生于大战前夕，并阴差阳错的纠葛在乱世，成了莫逆之交。宇智波、千手、以及漩涡与日向的混血，三个天赋异禀的天才忍者在乱世中崛起，在磨砺中不断变强、成长。而在战国中出生，身具宇智波与漩涡二族血脉，拥有尾兽和仙术之力的新世代鬼才忍者亦横空出世，成为继三个天才忍者之后的又一个天才。乱世中，因陀罗与阿修罗的转世大放异彩，大筒木羽村与大筒木羽衣同样亦有传人和后代弟子在世，展现了超凡脱俗的实力。关于始祖与六道仙人的记忆还未完全消散，得益于查克拉始祖大筒木辉夜福泽的优秀忍者也多不胜数。然而，除了得益于始祖之力而到来的忍者时代，却有四个天才忍者的能力逐渐脱离始祖的力量体系......